果凍武術學院裏本來是壹個和諧的地方，果凍們在裏面快樂地學習、玩耍。不料有壹天來了壹個不速之客，他就是四大惡賊之壹的賊眉鼠眼，擾亂了學院裏的安寧。方丈為了維護和平，把夜燕以及上官子怡、梨花詩、花如意趕到天山上，希望她們成為果寶女特攻。而自己則把摯情之劍賣給了陸小果，赤霄劍不得已送給了菠蘿吹雪，把像菜刀的聖道劍送給了橙留香，因而有陸小果的壹句“名言”：“果然是武功再高，也怕菜刀”。果寶特攻們聽說大魔頭東方求敗和四大惡賊殘害村民，就下決心要為民除害。不料這是跑龍套小果叮的詭計：他先給七色彩蓮下了三種最毒的毒——孔雀石綠、蘇丹紅、三聚氰胺。然後派壹些水果村民到處散布謠言，說東方求敗創立的水果加工廠，是水果們的地獄，好讓他們鬥個兩敗俱傷。後來，壹場官司證明了東方求敗以及四大惡賊是清白的。小果叮設計捉住了果元天尊的五個駕駛者，並且駕駛著果元天尊跳上了花果山第七層。花果山第七層可不是人人都可以上去的地方，它是壹個倒立的三角形，只要別人在上面召喚果寶機甲，花果山第七層就會倒塌。以小果叮為首的跑龍套們和以橙留香為首的果寶特攻們在第七層召喚了果寶機甲，就使第七層變得非常不穩定。魔霸天王為了水果世界，為了支撐花果山第七層，為了給果寶特攻爭取時間，不惜壹切代價，抽幹了火山能源，最後還啟動了生命之源。而第七層又是壹場激烈的戰爭。果寶特攻們見合體不行，就分體進攻對手。壹開始占了上風，可是後來梨花詩和菠蘿小薇不幸被抓住，被踩死，陸小果和花如意也因為雙劍合璧進攻失敗而被偷襲而死，上官子怡為了救橙留香而犧牲，菠蘿吹雪也因為偷襲失敗而死。最後壹個橙留香為了水果世界而開啟生命之源，使用了正氣乾坤炮，最終也犧牲了。本來小果叮就要贏了，誰知有壹顆正義之心的果寶特攻們復活了，機甲也都黃金升級。本來可以打敗對手，可是當橙留香得知魔霸天王的能源就要用光時，丟下武器，帶領著果寶特攻們接替頂著第七層。小果叮因為沒有當過好人的主角，所以用從天山果姥手中搶來的唯壹壹顆牛黃解毒丸救活了七色彩蓮。水果世界重獲新生，水果們本來是大團圓，可是在最後尾聲水果們唱歌時，因為上花果山第七層的水果太多，第七層還是倒了。（果寶特攻1）
三劍客成功拯救完水果世界後，由於在花果山大合唱慶祝勝利造成第七層的崩塌，直接傷害到七色彩蓮。為求保住彩蓮，東方求敗被外人蠱惑利用，接受了人類世界的忍術和其他技術去搶救彩蓮，但同時也成為了拐帶水果們的幫兇。方丈與果姥上山探望東方求敗，無意間看出當中端倪，東方求敗有滅口之意。三劍客趕到之時，方丈與果姥為保存實力，不單壹個裝瘋扮傻，壹個詐死，還出狠招將三劍客打落懸崖，並且瘋言瘋語，讓眾人誤會三劍客，促使三劍客再無立足之地，必須遠走他鄉，從而避開東方求敗的迫害。三劍客在小果叮的幫助下撿回壹命，重拾鬥誌誓要查出真相。在小果叮的指示下，各人各盡所長，千方百計尋找蓮珠。歷經重重苦難，機甲在蓮珠的洗禮下得到重生，三人不斷提升自我，獲得新的技能和必殺技，對方也得到力量加強和武器升級，尤其是加上神鬼莫測的忍術，三人多次陷入苦戰。三劍客屢敗屢戰，在失敗中成長，反敗為勝。女特攻們同樣自強不息，壹樣創出新的招數和技能必殺，來支援三劍客。眾人在花果山匯合，迎來與東方求敗的終極壹戰。幾經艱辛終於獲得勝利，但東方求敗的失敗並不意味事情結束。果寶們幾經艱辛，終於來到花果山第七層，發現原來真正的幕後黑手是外來人類龜太公。單憑眾人之力並不足以抗衡。這時，養精蓄銳的果寶老特攻們及時出手，兩代特攻通力合作與龜太公周旋。這正是方丈和果佬計劃好的聯合作戰計劃。在敵我實力懸殊下，眾果寶特攻突破自我，進化成黃金7合體，與龜太公決壹死戰。(果寶特攻2）