特別篇(スペシャル)：
特別篇01-011 鋼琴奏鳴曲《月光》殺人事件 1小時特別篇
特別篇02-052 霧天狗傳說殺人事件 1小時特別篇
特別篇03-076 柯南vs怪盜基德 1小時特別篇
特別篇04-096 走投無路的名偵探！連續兩大殺人事件 2小時特別篇
特別篇05-118 浪花連續殺人事件 1小時特別篇
特別篇06-129 來自黑衣組織的女子 大學教授殺人事件 2小時特別篇
特別篇07-162 飛天密室 工藤新壹最初的事件 1小時特別篇
特別篇08-174 20年的殺意 聖佛尼號連續殺人事件 2小時特別篇
特別篇09-184 詛咒的假面在冷笑 1小時特別篇
特別篇10-208 迷宮的入口 巨大神像的憤怒 1小時特別篇
特別篇11-219 被召集的名偵探！工藤新壹vs怪盜基德 2小時特別篇
特別篇12-263 大阪雙重謎團 浪花劍士和太閣之城 2小時特別篇
特別篇13-304 震動警視廳 1200萬名人質 2小時特別篇
特別篇14-342 豪斯登堡的新娘 1小時特別篇
特別篇15-345 與黑衣組織直面對決 滿月之夜的雙重謎案 2.5小時特別篇
特別篇16-356 怪盜基德的驚異空中步行 1小時特別篇
特別篇17-383 甲子園的奇跡！絕不能輸給看不見的惡魔 2小時特別篇
特別篇18-425 黑暗沖擊！組織魔爪伸來的瞬間 2.5小時特別篇
特別篇19-449 本廳刑事戀愛物語 虛假的婚禮 1小時特別篇
特別篇20-452 金比羅劇院的怪人 1小時特別篇
特別篇21-479 和服部平次在壹起的3天 2小時特別篇
特別篇22-487 本廳刑事戀物語8 左手的無名指 1小時特別篇
特別篇23-488 電視臺的惡魔 1小時特別篇
特別篇24-489 法庭的對決Ⅲ 目擊者是檢察官 1小時特別篇
特別篇25-490 服部平次vs工藤新壹 滑雪場的推理對決 1小時特別篇
劇場版
M1 引爆摩天樓 時計じかけの摩天樓 電影原創 1997/04/19
M2 第14個目標 14番目の標的 電影原創 1998/04/18
M3 世紀末的魔術師 世紀末の魔術師 電影原創 1999/04/17
M4 瞳孔中的暗殺者 曈の中の暗殺者 電影原創 2000/04/22
M5 通往天國的倒計時 天國へのカウントダウン 電影原創 2001/04/21
M6 貝克街的亡靈 ベイカー街の亡霊 電影原創 2002/04/20
M7 迷宮的十字路 迷宮の十字路 電影原創 2003/04/19
M8 銀翼的魔術師 銀翼の奇術師 電影原創 2004/04/17
M9 水平線上的陰謀 水平線上の陰謀 電影原創 2005/04/09
M10 偵探們的安魂曲 探偵たちの鎮魂歌 電影原創 2006/04/15
M11 深藍色的海盜旗 紺碧の棺 電影原創 2007/04/21
M12 戰栗的總譜 戦栗の楽譜 電影原創 2008/04/19
系列不是很多，但是如果連3集壹故事的也算的話：
068 暗夜公爵殺人事件(事件篇） 暗の男爵殺人事件（事件編） V8F2-F7 1997/07/21
069 暗夜公爵殺人事件(疑惑篇） 暗の男爵殺人事件（疑惑編） V8F2-F7 1997/07/28
070 暗夜公爵殺人事件(解決篇） 暗の男爵殺人事件（解決編） V8F2-F7 1997/08/04
132 魔術愛好者殺人事件(事件篇） 奇術愛好家殺人事件（事件編） V20F2-F6 1999/01/25
133 魔術愛好者殺人事件(疑惑篇） 奇術愛好家殺人事件（疑惑編） V20F2-F6 1999/02/01
134 魔術愛好者殺人事件(解決篇） 奇術愛好家殺人事件（解決編） V20F2-F6 1999/02/07
166 鳥取蜘蛛公館的怪事(事件篇） 鳥取クモ屋敷の怪（事件編） V25F4-F8 1999/11/01
167 鳥取蜘蛛公館的怪事(疑惑篇） 鳥取クモ屋敷の怪（疑惑編） V25F4-F8 1999/11/08
168 鳥取蜘蛛公館的怪事(解決篇） 鳥取クモ屋敷の怪（解決編） V25F4-F8 1999/11/15
176 與黑衣組織的再會（灰原篇） 黒の組織との再會（灰原編） V24F7-F8 2000/01/17
177 與黑衣組織的再會（柯南篇） 黒の組織との再會（柯南編） V24F9-F10 2000/01/24
178 與黑衣組織的再會（解決篇） 黒の組織との再會（解決編） V24F10-F11 2000/01/31
188 危命的復活 洞窟中的偵探團 命がけの復活 洞窟の探偵団 V25F9-F10 2000/05/01
189 危命的復活 負傷的名偵探 命がけの復活 負傷した名探偵 V25F10-V26F1 2000/05/08
190 危命的復活 第三個選擇 命がけの復活 第三の選択 V26F2-F3 2000/05/15
191 危命的復活 黑衣騎士 命がけの復活 黒衣の騎士 V26F3-F4 2000/05/22
192 危命的復活 新壹回來了… 命がけの復活 帰ってきた新壹… V26F5-F6 2000/05/29
193 危命的復活 約定的場所 命がけの復活 約束の場所 V26F6-F7 2000/06/05
222 人魚失蹤記（事件篇） そして人魚はいなくなった（事件編） V28F6-F7 2001/01/29
223 人魚失蹤記（推理篇） そして人魚はいなくなった（推理編） V28F8-F9 2001/02/05
224 人魚失蹤記（解決篇） そして人魚はいなくなった（解決編） V28F9-F10 2001/02/12
266 情人節的真相（事件篇） バレンタインの真実（事件編） V33F3-F4 2002/01/28
267 情人節的真相（推理篇） バレンタインの真実（推理編） V33F4-F5 2002/02/04
268 情人節的真相（解決篇） バレンタインの真実（解決編） V33F5-F6 2002/02/11
286 工藤新壹NY事件（事件篇） 工藤新壹NYの事件（事件編） V34F11-V35F1 2002/07/15
287 工藤新壹NY事件（推理篇） 工藤新壹NYの事件（推理編） V35F1-F2 2002/07/22
288 工藤新壹NY事件（解決篇） 工藤新壹NYの事件（解決編） V35F3-F4 2002/07/29
291 孤島的公主與龍宮城(事件篇） 孤島の姫と龍宮城（事件編） V35F11-V36F1 2002/08/19
292 孤島的公主與龍宮城(追求篇） 孤島の姫と龍宮城（追求編） V36F1-F3 2002/08/26
293 孤島的公主與龍宮城(解決篇） 孤島の姫と龍宮城（解決編） V36F3-F4 2002/09/02
309 與黑衣組織的接觸（交涉篇） 黒の組織との接觸（交渉編） V37F8-F9 2003/02/10
310 與黑衣組織的接觸（追蹤篇） 黒の組織との接觸（追跡編） V37F9-F10 2003/02/17
311 與黑衣組織的接觸（決死篇） 黒の組織との接觸（決死編） V37F10-V38F1 2003/02/24
325 火焰中的紅馬（事件篇） 炎の中に赤い馬（事件編） V39F1-F3 2003/06/23
326 火焰中的紅馬（搜查篇） 炎の中に赤い馬（捜査編） V39F3-F4 2003/06/30
327 火焰中的紅馬（解決篇） 炎の中に赤い馬（解決編） V39F4-F5 2003/07/07
385 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(上)ストラディバリウスの不協和音(前奏曲) V46F2-F3 2005/01/24
386 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(中)ストラディバリウスの不協和音(間奏曲) V46F3-F5 2005/01/31
387 斯特拉迪瓦裏小提琴的不和諧音(下)ストラディバリウスの不協和音(後奏曲) V46F5-F6 2005/02/07
394 奇異屋宇的大冒險（封印篇） 奇抜な屋敷の大冒険（封印編） V46F7 2005/04/18
395 奇異屋宇的大冒險（機關篇） 奇抜な屋敷の大冒険（絡繰編） V46F8-F9 2005/04/25
396 奇異屋宇的大冒險（解決篇） 奇抜な屋敷の大冒険（解決編） V46F9-F10 2005/05/02
406 柯南平次的推理魔術(操縱篇) コナン平次の推理マジック(仕掛編） V47F8 2005/07/11
407 柯南平次的推理魔術(公館篇) コナン平次の推理マジック(館編） V47F9-F10 2005/07/18
408 柯南平次的推理魔術(解決篇) コナン平次の推理マジック(解決編） V47F10-F11 2005/08/01
415 佛滅日出現的惡靈(事件篇) 仏滅に出る悪霊（事件編） V48F4-F5 2005/10/10
416 佛滅日出現的惡靈(疑惑篇) 仏滅に出る悪霊（疑惑編） V48F5-F6 2005/10/17
417 佛滅日出現的惡靈(解決篇) 仏滅に出る悪霊（解決編） V48F7-F8 2005/10/24
462 黑衣組織的影子 年幼的目擊者 黒の組織の影 幼い目擊者 V53F7-F8 2007/01/29
463 黑衣組織的影子 奇妙的照明 黒の組織の影 奇妙な照明 V53F8-F9 2007/02/05
464 黑衣組織的影子 謎樣的高額報酬 黒の組織の影 謎の高額報酬 V53F10-V54F1 2007/02/12
465 黑衣組織的影子 珍珠的流星 黒の組織の影 真珠の流れ星 V54F1-F2 2007/02/19
491 紅與黑的碰撞 開端 赤と黒のクラッシュ 発端 V56F10-F11 2008/01/14
492 紅與黑的碰撞 血緣 赤と黒のクラッシュ 血縁 V56F11-V57F1 2008/01/21
493 紅與黑的碰撞 疾呼 赤と黒のクラッシュ 絕叫 V57F2-F3 2008/01/28
494 紅與黑的碰撞 冥土 赤と黒のクラッシュ 冥土 V57F3-F4 2008/02/04
495 紅與黑的碰撞 昏睡 赤と黒のクラッシュ 昏睡 V57F9-F10 2008/02/11
496 紅與黑的碰撞 侵入 赤と黒のクラッシュ 侵入 V57F10-V58F1 2008/02/18
497 紅與黑的碰撞 覺醒 赤と黒のクラッシュ 覚醒 V58F1-F2 2008/02/25
498 紅與黑的碰撞 擾亂 赤と黒のクラッシュ 撹亂 V58F3-F4 2008/03/03
499 紅與黑的碰撞 偽裝 赤と黒のクラッシュ 偽裝 V58F4-F6 2008/03/10
500 紅與黑的碰撞 遺言 赤と黒のクラッシュ 遺言 V58F6-F7 2008/03/17
501 紅與黑的碰撞 嫌疑 赤と黒のクラッシュ 嫌疑 V58F8-F9 2008/04/14
502 紅與黑的碰撞 潔白 赤と黒のクラッシュ 潔白 V58F9-F10 2008/04/28
503 紅與黑的碰撞 決死 赤と黒のクラッシュ 決死 V58F10-F11 2008/05/12
504 紅與黑的碰撞 殉職 赤と黒のクラッシュ 殉職 V58F11-V59F1 2008/05/19
還有壹些是沒有連在壹起的，但也可以算是系列的：
264 法庭的對決 妃vs小五郎(前篇） 法廷の対決 妃vs小五郎（前編） 動畫原創 2002/01/14
265 法庭的對決 妃vs小五郎(後篇） 法廷の対決 妃vs小五郎（後編） 動畫原創 2002/01/21
297 法庭的對決Ⅱ 妃vs九條(前篇) 法廷の対決Ⅱ 妃vs九條（前編） 動畫原創 2002/10/21
298 法庭的對決Ⅱ 妃vs九條(後篇) 法廷の対決Ⅱ 妃vs九條（後編） 動畫原創 2002/10/28
489 法庭的對決Ⅲ 目擊者是檢察官 法廷の対決Ⅲ 目撃者は検察官 動畫原創 2007/11/26
146 本廳刑事戀愛物語(前篇） 本庁の刑事戀物語（前編） V21F8-F10 1999/05/24
147 本廳刑事戀愛物語(後篇） 本庁の刑事戀物語（後編） V21F8-F10 1999/05/31
156 本廳刑事戀愛物語2（前篇） 本庁の刑事戀物語2（前編） V23F10-V24F1 1999/08/09
157 本廳刑事戀愛物語2（後篇） 本庁の刑事戀物語2（後編） V24F1-F2 1999/08/16
205 本廳刑事戀愛物語3（前篇） 本庁の刑事戀物語3（前編） V27F4-F5 2000/08/28
206 本廳刑事戀愛物語3（後篇） 本庁の刑事戀物語3（後編） V27F5-F6 2000/09/04
253 本廳刑事戀愛物語4（前篇） 本庁の刑事戀物語4（前編） V32F11-V33F1 2001/10/15
254 本廳刑事戀愛物語4（後篇） 本庁の刑事戀物語4（後編） V33F1-F2 2001/10/22
358 本廳刑事戀愛物語5（前篇） 本庁の刑事戀物語5（前編） V40F1-F2 2004/05/03
359 本廳刑事戀愛物語5（後篇） 本庁の刑事戀物語5（後編） V40F2-F3 2004/05/10
390 本廳刑事戀愛物語6（前篇） 本庁の刑事戀物語6（前編） V44F4-F5 2005/02/28
391 本廳刑事戀愛物語6（後篇） 本庁の刑事戀物語6（後編） V44F5-F6 2005/03/07
431 本廳刑事戀愛物語7(前篇） 本庁の刑事戀物語7（前編） V50F1-F2 2006/02/20
432 本廳刑事戀愛物語7(後篇） 本庁の刑事戀物語7（後編） V50F3-F4 2006/02/27
449 本廳刑事戀愛物語 虛假的婚禮 本庁の刑事戀物語 偽りのウエディング V52F3-F5 2006/08/21
487 本廳刑事戀愛物語8 左手的無名指 本庁の刑事戀物語8 左手の薬指 V56F1-F3 2007/10/15