在倫理學中，罪惡是每壹位神學哲學家需要面對的問題。既然每壹存在的事物均來自上帝，那麽罪惡是否也來自上帝呢?奧古斯丁以來，神學家都用善的匱乏或人的靈魂的墮落來解釋這個問題。阿奎那也接受奧古斯丁的說法。阿奎那說，通奸是罪惡，並不在於它的物質方面，而在於造成通奸的原因，即缺乏禮節，而且他又接受了柏拉圖的某些說法，即認為通奸者不會將他的行為看作罪惡，相反會認為他的行為某方面是好的，會帶來愉快。同時，罪惡也是隨著人的自由而來的錯誤選擇所造成的。
然而阿奎那認為，盡管自由地創造人的上帝允許自由的可能性，但在這種情況上帝並不是罪惡的原因，而是錯誤意誌的產物。
我們知道，亞裏士多德對道德采取壹種自然主義的態度，認為壹個人要獲得德行和幸福就要履行他們的自然的目的和職能。而阿奎那則采取壹種超自然的態度，認為人的本性就是將上帝看作是源泉和最終目的。在他看來，壹個人僅是履行他的自然職能和能力來獲得幸福是不夠的，人還應有超自然的目的。基督教倫理學的目的就是教導人們追求最高的幸福和理想。他認為倫理學要以宗教作為基礎。沒有宗教觀念，沒有對上帝的至善的追求，就根本談不上什麽倫理學。
在他看來，人之為人是由於人具有理智和意誌。意誌表現人們行動的目的。在這裏他完全接受了亞裏士多德關於人的行為的目的論模型。人的另壹個特點就是人除了追求物質的滿足外，還追求精神上的滿足，追求無限的真善美，這個無限的真善美就是上帝。因此，意誌要作出正確的決定，就需要理智的指導，需要上帝的恩惠和神啟的真理，這樣意誌才能代表人對善和正義的追求。
人的道德機制是由肉欲、欲望、意誌和理性組成的。德行或善寓於正確的選擇之中，寓於兩個極端之中，意誌和理性要適當控制欲望。最基本的道德真理就是“趨善避惡”。實際上，他基本上把亞裏士多德的那壹套倫理學思想都搬了過來，不過在此基礎上再加上壹些來自上帝的超自然的神法來保證人們的行為規範。這種神法是通過神的啟示，作為上帝恩惠的禮物而直接來自上帝的。因此，德行是靠上帝的恩惠而“滲入”人間的，神又是理智的指導。
阿奎那的倫理格言是：“無限的真善美就是上帝”，“人的幸福在於達到上帝的本性”。不僅如此，他還認為人生來就傾向於上帝的，如果達不到上帝這個真善美的本性，人是永遠不會滿足的。
阿奎那把上帝向摩西頒布的“十誡”概括為“避惡行善”“保全自己的生命”“不殺害他人”等基本原則，稱為人的本性所具有的天賦觀念，是不證自明的公理。他認為，人的德性是壹種“習性”，是在後天的行為中養成的。所謂道德的德性就是使人傾向於行善的習性。他根據亞裏士多德的倫理理論，把“審慎、正義、節制、剛毅”作為四種最基本的德性。
阿奎那的倫理思想與亞裏士多德的倫理思想不同之處在於，他認為人還有某種超本性、超自然的需求。這就是人還要追求超本性的幸福，即對真善美的追求，追求與上帝的聯系和交流。他與其他神學家壹樣，提出“信、望、愛”三種神學德性來彌補上面四種德性的不足。他認為，“信、望、愛”這三種德性可以使人達到超本性的幸福。他與奧古斯丁壹樣，認為愛上帝是最高的神學德性，也是最高的道德規範。
總之，中世紀的倫理思想基本上沒有什麽突破，增加的多是宗教上的內容；但是，中世紀倫理思想中對人類的超自然的精神需要的論述，卻是有啟發性的。