大慈愛的神獸之王——女媧，為了讓人類的生活更美好，創造了各種能變化成神兵（擁有神奇力量的兵器）的神兵獸（動物）。借著各種神兵的不同能力，使獲得幫助的世人日子過得更愉快，也跟神兵獸***處得很和諧。
想統治所有人類的大壞蛋天地盟主突然出現，利用魔兵獸——虎魄令所有神兵獸魔化成兇惡的魔兵獸，威脅人類。
魔兵獸進攻南宮劍堡，城主南宮逸率玉靈龍之父迎戰而不敵，玉靈龍之父竟也被魔化且背叛南宮逸。南宮逸被捕獲前，及時把壹顆最厲害的神兵獸獸蛋，藉玉靈龍飛行帶走，送給兒子問天求救。
問天跟妹妹問雅由三叔帶領，代表父親到民間幫助百姓。問天手上有父親給予的綠臂護腕，力大無窮；問雅則天生能了解神兵獸的言語，極得動物歡心。
郊區內的神兵獸突然逐壹變成魔兵獸，問天遇上四手猴襲擊人類，借綠臂護腕之力把他擊昏。問雅見農夫傷心，用慈愛去感化土撥鼠恢復良善之心。玉靈龍找到兩兄妹，二人知道父親遇險，決定前往相救。
但奉命追蹤玉靈龍的天地盟主的手下兇閻王亦帶著魔兵獸趕到，並變化成魔兵襲擊問天。
問天的綠臂護腕之力敵不過魔兵獸。危急關頭，問天令神兵獸獸蛋——天晶破殼誕生，化成神兵——天晶！問天與天晶將魔兵打回魔兵獸的樣子；而問雅則配合玉靈龍，把魔兵獸凈化馴服，變回善良的神兵獸。
三叔帶著兩兄妹及天晶和玉靈龍繼續上路，決意打敗天地盟主、救出南宮逸，將所有魔兵獸凈化馴服為原來的神兵獸！ 神兵小將動畫片全集介紹
第二集《團結就是力量》
問天借天晶使出天晶斬，把兇閻王擊退。兄妹二人、三叔、玉靈龍和天晶獸繼續上路，問天雄心壯誌，士氣如虹！
西域的西域城被魔兵獸圍攻，神兵獸太虛亦變成魔兵獸；西域城主西門豪及時把兒子西門孝由秘密通道送出城外。西門孝為救父親，決定要找到壹頭屬於自己的神兵獸。
問天兄妹來到西域的甜水鎮，旅途口渴，飲用河水，卻發現河水竟極為辛辣？！
鎮民告知，為西域各地河道帶來水源的神兵獸太虛，因天地盟主的影響成為了魔兵獸，變作胡亂送風的巨大風車；而天地盟主的甜水鎮頭目麻辣將軍因為極愛吃辣，自私地把辣椒粉末加入河道，令河水變辣、鎮民受苦。
問天知道若要令整個西域恢復正常，壹定要凈化太虛獸，便到鎮長家中取地圖細看。問雅則跟玉靈龍、天晶獸在鎮長家門外捉迷藏。
天晶獸躲起來避開問雅，卻突然被神秘人捉走！問雅忙向問天報告求救，問天認為壹定是天地盟的壞人所為，前往追蹤。
捉走天晶獸的正是救父心切的西門孝。阿孝把天晶獸帶走，想令他變成神兵，天晶獸卻不順從，不斷反抗。
問天兄妹趕到，問天跟阿孝追逐打架；麻辣將軍突然攜同魔兵獸出現攻擊眾人。乘混亂之際麻辣將軍擄走阿孝手上的天晶獸，並用紅辣椒轟炸眾人，三叔和士兵被活埋。
阿孝只好與問天合力對抗麻辣將軍，二人合力終於成功擊退敵人；問雅則配合玉靈龍把魔兵獸凈化為神兵獸。
阿孝告知問天兄妹要搶神兵獸的前因後果，了解彼此都抱著拯救父親的目標，便結伴上路！臨行前鎮長告知清泉山有寶物可助冒險，叫眾人壹定要得到。神兵小將動畫片全集介紹
第三集《凈化環境汙染》
阿孝熟悉西域，正帶領問天兄妹前往太虛大風車的所在途中。阿孝解釋西域的環境，指出還要經過四個地方才能到達大風車所在的西域城。
阿孝羨慕問天擁有神兵，使用各種方法利誘天晶改認他為主人，全都失敗，笑話連篇。
眾人來到清泉山，阿孝炫耀以前曾在美麗的泉水泛舟……豈知現在泉水全變成了汙泥，原來是天地盟的頭目、愛好泥漿摔跤的摔跤將軍所幹的好事，他強迫當地村民與他摔跤。
問天用綠臂護腕挑戰摔跤將軍，成功地把他趕走，得到山上居民的熱情招呼和贊賞。
阿孝見問天有寶物能大顯威風，自己則甚麽也沒有，感到失落。山上長老提醒阿孝清泉山上有關寶物的傳說，阿孝決定孤身前往拿取。
被打敗的摔跤將軍，回到老巢向公主鐵心借滿身泥漿的魔獸蚯蚓，反擊問天。魔兵獸吐出硬化泥漿牢籠囚禁了天晶，令他不能變成神兵，問天兄妹險象環生。
另壹方面，阿孝憑著智能和勇氣，識破冰壁的機關，取得了泉水中的寶物水龍炮。
阿孝及時出現，用水龍炮溶解牢籠，沖走蚯蚓身上的泥漿。天晶得以變成神兵，幫助問天打敗、凈化敵人。
就在此時，自稱天地盟主之女的鐵心公主出現，用魔兵獸鳳皇救走了摔跤將軍。問天因為鐵心手中兵器能擋得住天晶而驚訝。 神兵小將動畫片全集觀看： 神兵小將動畫片全集介紹
第四集《人獸和諧***存》
明鏡河，平靜的河面上，漁夫緊張地捕魚，河水突然變急，原來有壹頭變成了魔兵獸的肥蛟龍在興波作浪，令漁船沈沒。
問天等人繼續上路，阿孝得到了水龍炮，跟問天兄妹玩水槍戰，發覺原來發射得多，便要註水補充子彈。
阿孝與眾人來到明鏡河為水龍炮註水，眾人玩得開心，暫時忘卻了煩惱。此地風景怡人，美麗似壹幅山水畫。但阿孝卻連連嘆息，並指出要往大風車所在的西域城，就得先要渡河到對岸。問雅此時發現暈在河邊的漁夫，眾人把他救起。
漁夫告知眾人魔兵獸已令河水湍急，任何人也不能渡河。問天不容天地盟主屢屢派人來破壞環境和生態，並相信有誌者事竟成，誓要設法渡河。
眾人利用各種方法，如坐船、紮木伐、徒手遊泳想要渡河，卻全都被突然出現的刁蠻公主鐵心與魔兵獸破壞而失敗，既驚險又惹笑。
問天只好命天晶變成神兵，與鐵心戰鬥，兩人勢均力敵，互相不能占上風，後來卻因為鐵心掀起的水浪而令問天不能接近攻擊；阿孝忙用水龍炮加入戰鬥，卻也是徒勞無功。
問雅想起之前玩水槍戰的情況，大叫阿孝射光子彈，阿孝也明白過來，用水龍炮暫時吸走魔兵獸的水浪，問天便得以接近，打敗了肥蛟龍。問天壹時貪玩，戲弄鐵心壹番，鐵心氣結，誓要與問天周旋到底，問天卻對她惺惺相惜。
肥蛟龍被凈化為善良的神獸，問雅提出渡河的請求，肥蛟龍說這本來就是他的職責，為人類服務，才能顯出他存在的價值。說罷，他背負眾人過河，讓他們抵達對岸，眾人與肥蛟龍依依不舍，繼續上路。
動畫人物
第壹部：
玉龍國元首
玉龍國元首是玉島國元首玉燕的姐姐，是女媧的傳人之壹。
南宮問天
約十二歲，南宮城的少城主，富正義感，有鬥誌，重友情，左臂上的“綠珠護腕”力大無窮。在拯救父親與大地的過程中，他勇敢樂觀、孝順且充分發揮了其不屈不撓、不畏強暴的精神，他的神兵獸兼好友為天晶獸。他與天晶獸在路途中逐漸感受正義，使天晶進化。
東方鐵心
約十壹歲，外表漂亮可愛，是東方海閣東方雄的女兒，後被天地盟主捉拿，因惡鬥時腦子受創而失去記憶。天地盟主認她為義女，她在沒有意識下成為天地盟的公主。她性格強蠻，與問天既是死對頭，又是惺惺相惜，後因神舞用歌聲喚起了她的記憶，與東方雄母女重逢，非常感動人。她的神兵獸為鳳皇。
西門孝
約十二歲，西門城少主，體格比同齡的小孩高和胖，性格比較直率，動作雖緩慢但絕不笨拙，略缺自信心卻永不氣餒，壹心要救出父親，令眾人感動。他因為反應“慢三拍”鬧出不少笑話，但可在危急時刻改變體型，每次都有意想不到的事情發生。曾用歌聲引出神舞。他的隨身兵器為水龍炮，神兵獸為小太虛。
天地盟主
從不以真面目示人，故事中的主要反派頭領之壹，野心勃勃，壹心想占領整個玉龍國，抓住玉龍國元首女媧，破壞大地祥和及魔化自然界所有神獸， 將鐵心認為義女。計劃卻屢遭南宮問天破壞，令他非除去問天不可。後被問天用團結天晶打敗，後又被玄天邪帝用魔兵蛛魂所殺。
北冥雪
北冥雪莊莊主北冥正的女兒，約十壹歲。外表美麗、可愛。性格堅毅不屈，聰明孝順，善解人意。父親傳她神農尺，能醫百病、解百毒，每在要緊關頭，她與她的神兵神農獸都能發揮奇效。阿雪愛說實話，特別善良。最信任神農獸，同時是神農獸的朋友又是神農獸的主人。
南宮問雅
約七歲，可愛溫柔有愛心，能說各種動物的語言，擁有安撫動物的超能力，所有動物對她非常喜愛，自小沒看見身為玉島國元首的母親玉燕，與哥哥問天及爸爸南宮逸感情非常濃厚。後靈劍雙子給她“綠珠手鐲”，將馴服之力升級為凈化之力。
北冥雷
北冥雪的哥哥，北冥雪莊臨時莊主，雖然孝順並有正義感，然而被偽裝成好人的絕天機的蒙騙，讓絕天機做自己的助手，實際上是被絕天機利用。
元始天魔
千百年來與女媧勢不兩立，壹心想統治所有人類，遂派出麾下大壞蛋天地盟主，將壹只神獸魔化，成為邪惡神兵虎魄，並囚禁了女媧傳人--玉龍國元首，打敗東方、南宮、西門、北冥四大地域的城主，更令所有神兵獸變成兇惡的魔兵獸，成為人類的威脅。第二部又魔化了玄天聖帝，把聖帝變成了玄天邪帝。是目前為止神兵小將中最強的惡勢力。
玉龍國四大區域 城主 域主 莊主 閣主
南宮城池城主·南宮逸：問天之父，正義且有勇氣。被天地盟主魔化，後被神舞感化，恢復了本性。坐騎與助手為巨靈龍。
西門沙漠域主·西門豪：阿孝之父，負有極強的正義感，其絕招“西門神拳”威力驚人。
北冥雪莊莊主·北冥正：阿雪之父，勇敢剛強，神兵是十方明亮。十分愛民。
東方海閣閣主·東方雄：鐵心之母，愛女心切，從來不讓小將們說他是嬸嬸。在旅途中壹直保護著他們。
第二部：
玉島國元首·玉燕
是南宮問天和南宮問雅的母親，是玉島國元首，是玉龍國元首的妹妹，是女媧傳人之壹。
靈劍雙子
靈劍雙子是壹對姐妹，擁有配合天晶獸的代表親情的子劍獸，約十二歲，行動敏捷1000%。經常在第二部中幫助問天等人。
宗主
玉燕的守護者，靈劍雙子之父，持有神兵天誅，擅長射箭，百發百中。為了保護玉島國元首玉燕被邪帝魔化，後因為神舞而被凈化。
玄天邪帝（玄天聖帝）
原本是玄天聖帝，是武勇的父親，後被原始天魔魔化，成為壹個比天地盟主還要厲害的陰險的反派角色，他的超級魔兵獸蜘蛛王可以把神兵轉換成比原先還要厲害的超級魔兵，後被玉燕問雅母女凈化。
影子問天
影子問天是被魔鏡獸復制出來的影子，與真身區別：顏色較為灰暗，綠珠護腕在右臂，搭檔神兵獸是影子天晶獸，可變身影子天晶。後來被玉燕說服加入問天壹行人中，最後為了收復古國島，被鉆石大象踩成碎片，返回問天體內。在最後再度出現，協助問天用天晶雙龍破徹底擊敗玄天邪帝和元始天魔。
玄天帝姬
是玄天邪帝（玄天聖帝）的妹妹。是草原島的統治者，是武勇的姑姑，後被神舞的歌聲想起往事。
武勇
武勇是玄天聖帝的兒子，他擁有神兵獸炎獸，可變身神兵炎獸。
統治玉島國五大島嶼的惡勢力
昆蟲島· 毒王子古柔
雨林島· 狂王
古國島· 銀法王
草原島· 玄天帝姬
元首島· 玄天邪帝（玄天聖帝）
玉島國五大島嶼的守護神獸
昆蟲島· 大百足
雨林島· 金剛
古國島· 鉆石大象
草原島· 雄獅 雌獅
元首島· 巨龍
動畫神（魔）獸
第壹部：
玉靈龍
守護南宮家的神獸巨靈龍之子，能噴出熾熱的火焰攻擊敵人，它天真活潑又貪玩，是冒險旅途中大家的開心果。
天晶獸
南宮家女媧殿的神兵獸，外表像麒麟，可變身成神兵天晶。它與問天互相感應，隨著問天對正義的領悟而變得更強大，壹路上與問天壹起擊退天地盟主和玄天邪帝的壞蛋，是小將們戰鬥的主力神兵！能變身成為冰霜正義天晶，火焰勇氣天晶，閃爍光明天晶，紫電友情天晶，旋風自信天晶，七神兵團結天晶，六色天晶六種形態，大絕招:雙重天晶破。
虎魄
天地盟主的坐騎，可變身成為魔兵虎魄。全使它噴出來的怪煙把善良的神獸變成邪惡的魔獸，也可令人失去善良本性，隨服天地盟主，是天地盟主征服玉龍國的左右手，後被問雅給馴服。
小太虛
守護西門家的神兵獸太虛獸之子，與父親太虛獸外形相似的小烏龜，性格善良而沒心機。可變身成有趣好玩的神兵溜溜球，深得阿孝喜愛，在戰鬥時是小將們的得力幫手。
鳳皇
守護東方家的神兵獸，華麗威武而體型龐大。它可變身成神兵鳳皇，在故事之初受虎魄的影響成為魔兵，與問天等人為敵，後來在神舞的歌聲下恢復記憶，與鐵心壹起協助問天打倒天地盟主和玄天邪帝。
神農獸
是守護北冥家的神兵獸，雪橇犬形態上有神農尺的花紋，可變身為神兵神農尺，各種病癥和傷患必能被它治愈，各種毒都可解，曾解大百足的毒，是小將們中不可缺少的醫生。
驚邪
野生神兵獸，外型是只寄居蟹，擁有鋒利的鉗子，力大無比，比“綠珠護腕”給問天帶來的力氣更大，居住在東方海。可變身為神兵驚邪。後和問天壹行人成為朋友，並幫助他們打敗了喜無常和雙刀螳螂。
神舞
野生神兵獸，很像金絲雀，擁有世上最優美的嗓子，能唱出最動人的歌曲，使人想起美好的回憶。為躲避天地盟而居住在仙音林。被阿孝的歌聲引出，可變身為神兵神舞。她拯救了鐵心、鳳皇、南宮逸、巨靈龍，在第二部裏面又拯救了玄天地姬、宗主、天誅。
十方明亮
同是守護北冥家的神兵獸，其外表像壹個長了翅膀的白馬，可變身為神兵十方明亮，給人們指路,也可以發光使敵人看不清楚東西，在48集裏有體現。
巨靈龍
是守護南宮家的神獸，玉靈龍之父，曾被天地盟主的虎魄影響失去本性。後因神舞而恢復本性，同南宮逸壹起討伐天地盟主。
太虛獸
是守護西門家的神兵獸，管理著西門域的水，變身後為神兵太虛，其力量如同臺風，但保存實力刮龍卷風。是小太虛的爸爸。
第二部：
子劍獸
子劍獸是靈劍雙子的神兵獸，變身後成為代表親情的天晶子劍，跟天晶獸模樣相似。配合天晶獸變身神兵正義天晶後，發揮出比以前還要厲害的招數天晶雙龍哮、天晶漩渦卷和天晶雙龍鉆。
天誅
宗主的神兵獸，能變身成為神兵天誅，可以發射九支箭，可散可合，每支箭都有不同威力。
蜘蛛王
它是壹個比虎魄還要厲害的魔兵獸，眼睛的光能把神獸化為超級魔獸，可以變身為超級魔兵蛛魂，後被問天影子雙龍毀滅。
大百足
它是昆蟲島的守護神獸，喜歡鞋子。穿上了靈劍雙子加了鉛塊的鞋子被打敗。後前來元首宮救出玉燕。
金剛
它是雨林島的守護神獸。體型巨大，力大無窮並喜歡吃水果，尤其是黃金香蕉。
魔鏡獸
被銀法王利用的野生魔兵獸，變身魔兵魔鏡後可以復制出影子，但壹年只能變身壹次。影子和真身壹模壹樣，但本性卻和真身截然相反，復制出來的影子的特點擁有真身潛意識裏的的所有缺點。
影子天晶獸
影子天晶獸是影子問天的神兵，可以變身為神兵影子天晶，擁有問天在玉龍國的全部變身。後來返回天晶獸體內。
鉆石大象
銀法王的魔獸，43集出現 ，是銀法王最後的王牌。後被問天消滅。
雌雄獅
雌雄雙獅之壹：雄獅是草原島百獸之王，在玄天邪帝魔化草原島百獸的時候逃跑，沒有被魔化，後遇到武勇，成為武勇的神兵獸，可變身成火系神兵炎獸。草原島守護神獸之壹。
雌獅
雌雄雙獅之壹：雌獅是壹開始被魔化的神兵獸。 成為玄天帝姬的手下，後被玉燕元首凈化。草原島守護神獸之壹。