飛秒激光治療與普通準分子激光治療的最大區別在於角膜瓣是由激光而不是板層角膜刀制作的，所以板層角膜刀制作的角膜瓣特有的問題，如粘刀、角膜瓣脫落、角膜瓣不全、瓣斷裂、角膜瓣過小或過大等。，在飛秒激光治療過程中不會再次發生，所以安全性比普通LASIK大大提高，但以下情況可能仍然存在。
1.飛秒激光治療過程中，不能擠眼睛、翻眼睛，否則可能會有負壓。如果發生，需要重做角膜瓣或延期手術。
2.如果有滲血、分泌物、纖維等。在角膜瓣下，需要重新沖洗。術後頻繁眨眼、翻眼會增加這種可能性，嚴重時會使角膜瓣移位，需要重新沖洗復位，壹般不會影響手術效果。
3、術後角膜瓣層間炎癥反應、上皮植入、角膜瓣融化等。，需要藥物或手術治療。
4.由於個體對激光的敏感性和術後角膜生物力學變化的程度，術後可能出現過矯、欠矯和屈光回退。壹般來說，屈光回退與患者術前的屈光狀態有關。程度越高，術後消退的可能性越大。
5、高度近視，散光是壹種病理狀態，近視是階段性或持續進行性發展，醫學上稱為進行性或病理性近視。術前無法完全確診病情，術後有可能持續發展，必要時仍需配鏡。
6.手術不改善或加重並發癥(如眼底出血、視網膜脫離、變性、裂孔、並發性白內障等。)引起的近視患者(尤其是高度近視)。因此，術後仍需定期檢查眼底，以便早期發現高度近視並發的眼底病變。
7.術後恢復期間，可出現眼睛幹澀、閱讀困難、眩光、夜視能力下降、夜間駕駛困難等。，並且上述癥狀可能在某些患者中持續存在。
8.術後避免汙水、異物進入眼睛，不要到空氣中有灰塵、不潔漂浮物的環境中去，及時正確地塗抹消炎眼水，否則角膜可能會受到感染，嚴重時會嚴重影響視力。
9.手術後，有些人會出現眼白發紅(結膜下出血)，這是患者在手術過程中用力擠壓眼睛造成的，吸收較慢，不會影響視力。